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課程培訓(xùn)
NWChem 高性能計(jì)算化學(xué)軟件培訓(xùn)課程

NWChem 高性能計(jì)算化學(xué)軟件培訓(xùn)課程

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  • 培訓(xùn)對(duì)象:計(jì)算化學(xué)研究人員、量子化學(xué)工作者、需要利用大規(guī)模并行計(jì)算資源處理復(fù)雜化學(xué)體系的高性能計(jì)算用戶。

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  • 培訓(xùn)目標(biāo)

    1. 掌握NWChem的輸入文件結(jié)構(gòu)與模塊化設(shè)計(jì),能夠獨(dú)立完成分子體系的結(jié)構(gòu)優(yōu)化與能量計(jì)算。

    2. 熟練運(yùn)用NWChem的DFT、后HF方法進(jìn)行電子結(jié)構(gòu)計(jì)算,理解不同方法的精度與成本權(quán)衡。

    3. 掌握NWChem在分子動(dòng)力學(xué)、光譜性質(zhì)模擬及QM/MM混合方法中的應(yīng)用。

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  • 培訓(xùn)內(nèi)容介紹

    1. NWChem軟件概述:了解NWChem作為面向高性能計(jì)算環(huán)境的計(jì)算化學(xué)軟件的發(fā)展歷程與設(shè)計(jì)理念。

    2. 安裝與并行配置:在高性能計(jì)算集群上編譯安裝NWChem,配置MPI并行環(huán)境,理解內(nèi)存管理與磁盤I/O設(shè)置。

    3. 輸入文件語法:學(xué)習(xí)NWChem輸入文件的層次結(jié)構(gòu)(start、geometry、basis、dft、task),掌握關(guān)鍵指令的使用。

    4. 基組與贗勢(shì):選擇與自定義基組(STO-3G到cc-pVQZ),配置有效芯勢(shì)(ECP)處理重元素。

    5. 結(jié)構(gòu)優(yōu)化:設(shè)置任務(wù)類型為optimize,進(jìn)行分子幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化,理解收斂標(biāo)準(zhǔn)與坐標(biāo)冗余處理。

    6. DFT計(jì)算:配置交換相關(guān)泛函(B3LYP、PBE、M06系列),進(jìn)行單點(diǎn)能與性質(zhì)計(jì)算。

    7. 后Hartree-Fock方法:運(yùn)行MP2、CCSD(T)等高精度計(jì)算,理解相關(guān)能計(jì)算方法與計(jì)算成本。

    8. 溶劑效應(yīng)模擬:使用COSMO或PCM連續(xù)溶劑化模型,模擬溶液環(huán)境對(duì)分子性質(zhì)的影響。

    9. 激發(fā)態(tài)與光譜:進(jìn)行TD-DFT計(jì)算,預(yù)測(cè)紫外-可見吸收光譜與發(fā)射光譜。

    10. 分子動(dòng)力學(xué)模擬:使用NWChem進(jìn)行從頭算分子動(dòng)力學(xué)(AIMD)模擬,理解Born-Oppenheimer動(dòng)力學(xué)與Car-Parrinello動(dòng)力學(xué)的區(qū)別。

    11. QM/MM混合方法:設(shè)置QM/MM計(jì)算,將活性中心(QM區(qū)域)與周圍環(huán)境(MM區(qū)域)結(jié)合處理。

    12. 結(jié)果解析與后處理:分析輸出文件中的能量、梯度、頻率信息,提取分子軌道與電荷分布數(shù)據(jù)。





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