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GROMACS 分子動(dòng)力學(xué)模擬零基礎(chǔ)到實(shí)戰(zhàn)培訓(xùn)課程

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• 培訓(xùn)對(duì)象：生物物理、藥物化學(xué)、材料科學(xué)領(lǐng)域的初學(xué)者，需要系統(tǒng)掌握GROMACS分子動(dòng)力學(xué)模擬方法的碩博士研究生和科研人員。

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• 培訓(xùn)目標(biāo)：

  1. 掌握GROMACS的命令行操作與模擬流程，能夠獨(dú)立完成從拓?fù)湮募�生成到�?dòng)力學(xué)模擬的完整過(guò)程。

  2. 熟練運(yùn)用GROMACS進(jìn)行蛋白質(zhì)、膜體系、小分子配體的動(dòng)力學(xué)模擬，分析軌跡與相互作用。

  3. 掌握增強(qiáng)采樣方法與自由能計(jì)算技術(shù)，應(yīng)用于蛋白質(zhì)折疊、配體結(jié)合等復(fù)雜問(wèn)題。

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• 培訓(xùn)內(nèi)容介紹：

  1. GROMACS概述與安裝：了解GROMACS的發(fā)展歷史與核心優(yōu)勢(shì)，在不同操作系統(tǒng)上編譯或通過(guò)包管理器安裝。

  2. Linux基礎(chǔ)與命令行操作：掌握Linux常用命令，熟悉GROMACS命令行工具的結(jié)構(gòu)與幫助系統(tǒng)。

  3. 拓?fù)湮募�與力場(chǎng)：理解GROMACS拓?fù)湮募�的�?gòu)成，選擇合適力場(chǎng)（AMBER、CHARMM、GROMOS），使用pdb2gmx生成蛋白質(zhì)拓?fù)洹?/span>

  4. 周期性邊界與溶劑盒子：定義周期性邊界條件，設(shè)置溶劑盒子類型（立方體、十二面體），使用solvate添加溶劑分子。

  5. 離子添加與中和：計(jì)算體系凈電荷，使用genion添加抗衡離子中和體系，調(diào)整離子濃度。

  6. 能量最小化：配置最陡下降與共軛梯度最小化參數(shù)，運(yùn)行em，監(jiān)控勢(shì)能與最大力收斂。

  7. NVT與NPT平衡：進(jìn)行兩階段平衡模擬，設(shè)置溫度耦合（V-rescale）與壓力耦合（Parrinello-Rahman），平衡體系溫度與密度。

  8. 生產(chǎn)動(dòng)力學(xué)模擬：設(shè)置生產(chǎn)動(dòng)力學(xué)參數(shù)，運(yùn)行mdrun，理解時(shí)間步長(zhǎng)、鄰居列表更新與約束算法（LINCS、SETTLE）。

  9. 軌跡分析基礎(chǔ)：使用gmx rms、gmx rmsf、gmx gyrate計(jì)算RMSD、RMSF與回旋半徑，評(píng)估體系穩(wěn)定性。

  10. 氫鍵與距離分析：使用gmx hbond分析氫鍵網(wǎng)絡(luò)，gmx distance監(jiān)測(cè)關(guān)鍵原子間距離變化。

  11. 增強(qiáng)采樣方法：了解傘形采樣與副本交換的基本原理，進(jìn)行簡(jiǎn)單的傘形采樣計(jì)算PMF。

  12. 可視化與繪圖：使用VMD或PyMOL可視化軌跡，使用Xmgrace或Python繪圖工具生成發(fā)表級(jí)圖表。

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服務(wù)優(yōu)勢(shì)：
豐富專家資源，精準(zhǔn)匹配相關(guān)行業(yè)，相關(guān)項(xiàng)目技術(shù)精英，面向用戶實(shí)際需求，針對(duì)性培訓(xùn)或咨詢，互動(dòng)式交流，案例教學(xué)，精品小班，實(shí)際工程項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)分享，快捷高效，節(jié)省時(shí)間與金錢，少走彎路與錯(cuò)路。

專家力量：
中國(guó)科學(xué)院相關(guān)研究所高級(jí)研究人員
西門子，TI,vmware，MSC,Ansys，MDI，Mentor, candence,Altium,Atmel 、Freescale,達(dá)索，華為等
大型公司高級(jí)工程師，項(xiàng)目經(jīng)理，技術(shù)支持專家
中科信軟培訓(xùn)中心，資深專家或講師
大多名牌大學(xué)，碩士以上學(xué)歷，相關(guān)學(xué)歷背景專業(yè)，理論素養(yǎng)高
多年實(shí)際項(xiàng)目實(shí)踐，大型復(fù)雜項(xiàng)目實(shí)戰(zhàn)案例分享，熱情，樂(lè)于技術(shù)分享
針對(duì)客戶實(shí)際需要，真實(shí)案例演示，互動(dòng)式溝通，學(xué)有所值

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