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Amber 生物大分子分子模擬專項培訓(xùn)課程

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• 培訓(xùn)對象：計算生物化學(xué)研究人員、藥物設(shè)計工作者、結(jié)構(gòu)生物學(xué)家、需要運用Amber進行蛋白質(zhì)、核酸及脂質(zhì)體系分子動力學(xué)模擬的專業(yè)人員。

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• 培訓(xùn)目標：

  1. 掌握Amber工具套件的使用（tleap、antechamber、pmemd、cpptraj），能夠獨立構(gòu)建生物大分子模擬體系。

  2. 熟練運用Amber進行能量最小化、平衡與生產(chǎn)動力學(xué)模擬，分析軌跡的穩(wěn)定性與構(gòu)象變化。

  3. 掌握MM-PBSA/GBSA自由能計算方法與增強采樣技術(shù)，應(yīng)用于配體結(jié)合親和力預(yù)測與構(gòu)象搜索。

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• 培訓(xùn)內(nèi)容介紹：

  1. Amber軟件套件概述：了解Amber的發(fā)展歷史與核心組件，熟悉AmberTools與pmemd的分工與功能。

  2. 力場與參數(shù)化：理解Amber力場（ff14SB、ff19SB、GAFF、lipid21）的特點，為小分子配體生成GAFF參數(shù)與RESP電荷。

  3. 體系構(gòu)建與tleap：使用tleap加載力場與參數(shù)，讀取PDB文件，添加氫原子、溶劑分子與抗衡離子，生成拓撲與坐標文件。

  4. 能量最小化：進行最陡下降與共軛梯度最小化，逐步釋放約束，消除不利接觸。

  5. 加熱與平衡：在NVT系綜下加熱體系至目標溫度，在NPT系綜下平衡密度，監(jiān)控溫度、壓力與能量。

  6. 生產(chǎn)動力學(xué)模擬：使用pmemd.cuda進行GPU加速的生產(chǎn)動力學(xué)模擬，設(shè)置時間步長、SHAKE約束與周期性邊界條件。

  7. 軌跡處理與cpptraj：使用cpptraj進行軌跡對齊、旋轉(zhuǎn)、裁剪，計算RMSD、RMSF、距離、二面角等。

  8. 氫鍵與相互作用分析：分析氫鍵占有率與距離，計算殘基間相互作用能。

  9. MM-PBSA/GBSA計算：從軌跡提取構(gòu)象，使用MMPBSA.py計算結(jié)合自由能，分解殘基能量貢獻。

  10. 傘形采樣與PMF：設(shè)置傘形采樣窗口，運行約束動力學(xué)，使用WHAM分析計算平均力勢。

  11. 增強采樣方法：了解副本交換（REMD）與加速MD的基本原理，進行簡單的增強采樣模擬。

  12. 結(jié)果可視化與報告：使用VMD或Chimera可視化軌跡，繪制自由能地形圖，生成分子模擬報告。

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除培訓(xùn)外，同時提供相關(guān)技術(shù)咨詢與技術(shù)支持服務(wù)，有需求請發(fā)需求表到郵箱soft@info-soft.cn,或致電4007991916
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服務(wù)優(yōu)勢：
豐富專家資源，精準匹配相關(guān)行業(yè)，相關(guān)項目技術(shù)精英，面向用戶實際需求，針對性培訓(xùn)或咨詢，互動式交流，案例教學(xué)，精品小班，實際工程項目經(jīng)驗分享，快捷高效，節(jié)省時間與金錢，少走彎路與錯路。

專家力量：
中國科學(xué)院相關(guān)研究所高級研究人員
西門子，TI,vmware，MSC,Ansys，MDI，Mentor, candence,Altium,Atmel 、Freescale,達索，華為等
大型公司高級工程師，項目經(jīng)理，技術(shù)支持專家
中科信軟培訓(xùn)中心，資深專家或講師
大多名牌大學(xué)，碩士以上學(xué)歷，相關(guān)學(xué)歷背景專業(yè)，理論素養(yǎng)高
多年實際項目實踐，大型復(fù)雜項目實戰(zhàn)案例分享，熱情，樂于技術(shù)分享
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