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PyMOL 分子可視化與模擬結(jié)果分析培訓(xùn)課程

培訓(xùn)對象：結(jié)構(gòu)生物學(xué)家、計算化學(xué)家、藥物化學(xué)研究人員、需要運用PyMOL進行分子結(jié)構(gòu)可視化、出版級圖像制作及分子模擬結(jié)果展示的科研人員。
培訓(xùn)目標(biāo)：
1. 掌握PyMOL的圖形界面操作與基本命令，能夠獨立加載分子結(jié)構(gòu)并進行基礎(chǔ)顯示設(shè)置。
2. 熟練運用PyMOL的高級顯示功能（表面、靜電勢、透明度、卡通樣式），制作專業(yè)分子圖像。
3. 掌握PyMOL的腳本編程與動畫制作，實現(xiàn)批量處理與分子動力學(xué)軌跡的可視化。
培訓(xùn)內(nèi)容介紹：
1. PyMOL界面導(dǎo)航：熟悉PyMOL的窗口布局（3D視圖、外部GUI、內(nèi)部GUI），掌握鼠標(biāo)操作與視圖控制。
2. 分子加載與保存：加載PDB文件、多幀軌跡文件，保存會話、圖像與分子坐標(biāo)。
3. 選擇與操作：學(xué)習(xí)選擇語法（sele），通過殘基編號、鏈標(biāo)識、原子名稱等選擇特定區(qū)域，進行隱藏、顯示、著色。
4. 顯示樣式：設(shè)置不同的顯示樣式（卡通、棍狀、球棍、表面、點），組合使用突出結(jié)構(gòu)特征。
5. 顏色與透明度：應(yīng)用預(yù)設(shè)顏色或自定義RGB值，設(shè)置表面透明度，創(chuàng)建多層次視覺效果。
6. 測量與標(biāo)注：測量原子距離、角度與二面角，添加文本標(biāo)注與標(biāo)尺。
7. 靜電勢表面：加載APBS計算結(jié)果或使用內(nèi)置泊松-玻爾茲曼求解器，生成并顯示靜電勢表面。
8. 配體相互作用圖：顯示配體與周圍殘基的相互作用（氫鍵、疏水接觸、π-π堆積）。
9. 多狀態(tài)與比對：加載多個構(gòu)象或同源結(jié)構(gòu)，進行結(jié)構(gòu)比對，顯示RMSD與差異區(qū)域。
10. 軌跡加載與動畫：加載分子動力學(xué)軌跡（DCD、XTC），制作構(gòu)象變化動畫，導(dǎo)出為視頻文件。
11. 腳本編寫：學(xué)習(xí)PyMOL的Python接口，編寫腳本實現(xiàn)批量渲染、自動截圖與重復(fù)性任務(wù)。
12. 出版級圖像輸出：調(diào)整光線、陰影與抗鋸齒，設(shè)置分辨率與輸出格式（PNG、TIFF、POV），生成論文封面級圖像。

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中國科學(xué)院相關(guān)研究所高級研究人員
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